Da der Boss GT-6B einen digitalen S/PDIF Ausgang (Coax) hat, würde ich den an Deiner Stelle auch zum Einsatz bringen. Das liefert die beste Soundqualität weil "verlustfrei" und ohne "D/A-A/D" Wandlung. Verwende als Cinch-Cinch Kabel nicht billige HiFi Kabel, sondern Video Kabel (mit 75 Ohm)!
Falls Dein PC noch keinen S/PDIF Eingang haben sollte, so würde ich das nachrüsten. Soundkarten mit S/PDIF Eingang sind gar nicht mehr so teuer. Siehe TYPHOON 51005 bei
http://www.reichelt.de/ für EUR 23,20.
Welches Programm empfehlenswert ist, hängt davon ab, was Du sonst noch damit machen willst. Nur den Bass aufnehmen geht schon mit dem "Audiorekorder" (siehe "Zubehör" - mal angenommen Du redest von Microsoft Windows Derivaten).
Wenn Du weitere Spuren aufnehmen willst, dann gibt es passendere Programme. Schau Dich doch z. B. mal bei Steinberg um (
http://www.steinberg.de/). Da sollten schon die einfachsten Varianten von Cubasis für den Anfang ausreichen.
PS: Gehört das nicht eher hierher?
https://www.bassic.de/forum/forum.asp?FORUM_ID=19