Grundsätzlich ist das "Setup" mit einem P-Bass, Flats und einem Tonerider nicht verkehrt um einen "Duck Dunn" ähnlichen Sound zu bekommen.
Wenn es verstärkt auftritt, dann muss man das "Phänomen" weiter eingrenzen. Am gefeilten Sattel kann es aber eigentlich nicht liegen, das hab ich noch nie gehört in all den Jahren. Sowas führt eher dazu, dass was schnarrt z.B. am ersten Bund oder rasselt/scheppert wenn die Saite im Sattel zu viel Spiel hat. Aber das würde nicht so klingen, wie Du es beschreibst.
Die E-Saite hat die tiefste Frequenz von allen Saiten - dadurch ist sie persé eigentlich nicht die lauteste. Das solltest Du auch feststellen, wenn Du den Bass unvestärkt spielst. Die A-Saite ist da schon wesentlich besser zu hören und zur G-Saite hin wird es noch deutlicher.
Wenn Du jetzt verstärkt genau das Gegenteil feststellst, dann kommen wir doch wieder zurück zur Einstellung. Wenn Du den PU erstmal so einstellst, dass er von der Form her dem Griffbrettradius entspricht und nach Möglichkeit die Brücke ebenfalls so einstellst, dass die Saiten auch dem Griffbrettradius folgen, dann ist der "Grundstock" gelegt. Meiner Erfahrung nach ist es eher so, dass ich den Abstand zur E-Saite dann etwas geringer justieren muss, damit sie die gleiche Lautstärke erreicht wie z.B. A und D und die G-Saite sogar mehr Abstand braucht, also auf der Seite des PU dann dieser tiefer reingedreht werden muss.
Jetzt kommen wir wieder zum Ausgangspunkt von vorhin zurück:
1. Alles mal auf "Werkseinstellung" (sozusagen ein Factory Reset) und so einstellen wie beschrieben
2. Amp auf Neutral (Bässe/Mitten/Höhen) ohne etwas zu pushen oder rauszunehmen
3. Lautstärke des Basses dann feinjustieren
4. Sound am Amp wieder auf die eigenen Bedürfnisse einstellen
Was anderes fällt mir nicht ein (ausser dass der PU vielleicht ne Macke hat

)